次氯酸鈉作為一種高效氧化消毒溶液，可廣泛用于人畜醫療衛生防疫。如畜禽養殖場消毒和污水處理和飲用水消毒。尤其適用于中型以上養殖場的常規防疫，養殖棚、孵化廳以及籠體器具的消毒。
由于有效氯容易流失，配制溶液前應先測定有效氯和氯的含量，并調整劑量，使其達到消毒所需的濃度。紡織品和金屬制品消毒時，濃度不宜過高，浸泡時間不宜過長。消毒后，殘留藥物應盡快用清水沖洗干凈，以防腐蝕和漂白。由于次氯酸對皮膚有刺激作用，在配制上述兩種藥液時，應佩戴防護口罩、橡膠手套、靴子或防護服。如果在室內噴灑消毒劑，工作人員不應在室內停留太久。藥物應儲存在密閉容器中，置于陰涼、干燥、通風的地方，以減少有效氯的損失和室內氯的積累。此外影響次氯酸鈉溶液消毒效果的原因還包括以下幾種：
1、PH：PH值對次氯酸鈉殺菌作用影響較大。水的ph值越高，其消毒效果越差；PH值降低，其殺菌作用增強；
2、濃度：使用次氯酸鈉消毒要選用適宜的殺菌濃度，謹防走入“濃度越高效果越好”的誤區，因為高濃度可使其迅速衰減，影響消毒效果；
3、溫度：在一定范圍內，溫度的升高能增強殺菌作用，此現象在濃度較低時較明顯；
4、硫化物：硫代硫酸鹽和亞鐵鹽類可降低氯消毒劑的殺菌作用；
5、水的硬度：水中的CA+、MG+等離子對次氯酸鹽溶液的殺菌作用沒有任何影響；
6、氨和氨基化合物：在含有氨和氨基化合物的水中，游離氯的殺菌作用大大降低；
7、碘或嗅：在氯溶液中加入少量的碘或臭可明顯增強其殺菌作用；
8、表面有機物：使用次氯酸鈉消毒，需要清除物件表面上的有機物質，因為有機物可能消耗有效氯，降低消毒效果。
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